Дослідницька група при Службі сільськогосподарських досліджень (ARS) Міністерства сільського господарства США, Канадському агентстві харчової інспекції та Університеті Макаре в Уганді поділилася своєю пропозицією щодо перекласифікації генотипів у публікації в рецензованому журналі «Viruses». У новинній статті це було описано як «наукова інновація», яка може допомогти переглянути те, як дослідники АЧС по всьому світу класифікують ізоляти вірусу АЧС (ASFv), і може полегшити вченим розробку вакцин, які відповідають різним штамам, що циркулюють в ендемічних зонах АЧС по всьому світу".
Наразі у світі відомі переважно генотип I та генотип II (за «старою» класифікацією), оскільки вони обидва «вийшли» з африканського континенту. Генотип I з'явився в Європі та Латинській Америці в 1960—1970-х роках, але в даний час цей генотип відомий лише завдяки ендемічній ситуації на італійському острові Сардинія та нещодавнім спалахам у Китаї. Генотип II, однак, з'явився також на Кавказі в 2007 році і поширився на Європу, Азію та Карибський басейн, створивши серйозні проблеми зі здоров'ям свиней у багатьох країнах.
Ця інформація є важливою, оскільки вона може зменшити кількість вакцин, які раніше вважалися необхідними для захисту від усіх генотипів АЧСv
Переоцінка наявної послідовності ДНК вірусу АЧС
Старший науковий співробітник д-р Дуглас Глейд (Douglas Gladue) з ARS заявив: «Раніше було ідентифіковано 25 різних генотипів вірусу в усьому світі. Дослідницька група нещодавно переоцінила всі загальнодоступні послідовності ДНК вірусу і виявила, що більшість генотипів (генетичний склад), які спочатку були визначені як нові, не були правильно ідентифіковані або порівняні з уже існуючими генотипами вірусу АЧСv. Виходячи з цього аналізу, насправді існує менше унікальних генотипів, ніж вважала дослідницька спільнота АЧС, а це означає, що існує менше різноманіття АЧСv, що вражає громади по всьому світу. Ця інформація важлива, оскільки вона може зменшити кількість вакцин, які раніше вважалися необхідними для захисту від усіх генотипів АЧСv».
Точна класифікація вірусів має першорядне значення для епідеміологічних досліджень та розробки економічно ефективних контрзаходів, включаючи розробку вакцин проти унікальних штамів АЧСv.
12 000 історичних та сучасних ізолятів вірусу
У рамках масштабної роботи дослідники ARS повторно проаналізували понад 12 000 історичних та сучасних ізолятів вірусу, отриманих з лабораторій з дослідження АЧСv по всьому світу. Це стало можливим завдяки використанню обчислювальних потужностей SciNet, суперкомп'ютерного кластеру ARS для вирішення проблем з великими обсягами даних у сільському господарстві.
Авторами публікації в журналі «Віруси» є Едвард Спінард, Марк Дінхобл, Ніколас Теслер, Хіларі Бертлі, Мануель В. Борка і Дуглас П. Глейд, всі вони працюють в ARS, USDA, США; Ентоні В. Сіньйор і Аруна Амбагала, Канадське агентство з контролю якості харчових продуктів, Вінніпег, провінція Британська Колумбія, Канада; Чарльз Масембе, Університет Макаре, Кампала, Уганда. Більшість авторів також пов'язані з Центром передового досвіду з геноміки африканської чуми свиней, Гілфорд, штат Коннектикут, США.
PigUA.info за матеріалами pigprogress.net